Początków naszego kościoła szukać należy w I połowie XIII wieku, albo i wcześniej. W północnowschodniej ścianie gotyckiej wieży można dziś z trudem odczytać, zatartą przez czas datę 1247. Pierwsze pisane źródło historyczne mówi o roku 1298 z zaznaczeniem, że kościół ten należy do najstarszych w diecezji poznańskiej.
Z dużym prawdopodobieństwem można przypuszczać, że najstarsza świątynia była budowlą drewnianą. Data 1580, umieszczona w absydzie kościoła oznacza początek budowy w obecnym kształcie, którą to budowę zakończono w roku 1586 w trzecią niedzielę po Zesłaniu Ducha Świętego, jej konsekracji dokonał biskup poznański, Ks. Jan Węgorzewski. Kościół, zgodnie z dawnym zwyczajem jest orientowany, tzn. jest zwrócony ołtarzem głównym na wschód.
Świątynia została wybudowana w stylu późnogotyckim, o czym wyraźnie świadczą nieco spłaszczone sklepienia krzyżowo-żebrowe i gwiaździste o kolistych zwornikach. Brak już temu sklepieniu strzelistych kształtów tak charakterystycznych dla wczesnego i średniego gotyku. Dnia 19 stycznia 1632 roku kościół parafialny stał się kolegiatą. Ustanowiono, aby odtąd przy niej pracowało na niwie duszpasterskiej sześciu duchownych. Przywilejów kolegiaty zażywał kościół czarnkowski bez mała przez dwa wieki, do dnia 16 lipca 1821 roku. Po wyniesieniu go do rzędu kolegiat, dobudowana została kaplica Biczowania Pana Jezusa, której fundatorką była Zofia z Herburtów Czarnkowska. Kaplica poświęcona została w roku 1634. Z fundacji Mikołaja i Anny Swinarskich została dobudowana kaplica Św. Jana Nepomucena około roku 1757. Dwa pożary: 1709 i 1768 były powodem do przeprowadzenia restauracji w latach 1724-1726 i po 1768 roku.
Większe restauracje kościoła miały miejsce jeszcze m.in. w latach 1923 i 1927.
